Як і насельники Києво-Печерської Лаври, вони зводили тут підземні споруди – ходи, церкви, келії – ще за часів Київської Русі. Печери використовувалися не лише як культові та житлові споруди, а також і для порятунку під час нападу ворога, переховування монастирського майна і скарбів. Система підземель добудовувалася в небезпечних XVI–XVII століттях. Відомо, що переважна більшість печер вирита в глинистому ґрунті і не укріплена. Однак, наявна інформація про використання у будівництві підземель цегляної кладки і дерев’яного (дубового) перекриття. З монастирських переказів відомо, що “иноки до возобновления монастыря отправляли все свои службы и богомолии в часовне и церкви, устроенным в пещере по обряду киевских пещер”. До 1746 року в одній з печер мешкав відбудовник монастиря схимомонах Ігнатій. Очевидно, вже в ХІХ столітті печерами не користувалися. Як наслідок, перестали функціонувати системи вентиляції і водовідведення, а тому підземелля почали руйнуватися. Вже на початку ХХ століття підземні комунікації були небезпечними для мандрівок.
За словами старожилів, довжина підземних ходів складає близько 28 кілометрів. Ведуть вони від Мотронинського монастиря до оборонних валів, до Холодного, Червоного, Святого валів. Є печери між стародавніми городищами, на Кізій горі біля Жаботина. За переказами, існувала система підземних комунікацій, яка з’єднувала дві обителі – Мотронинський Свято-Троїцький і Жаботинський Свято-Онуфріївський монастирі. На території останнього до сьогодні збереглася підземна церква Святителя Миколая та печери. Підземелля протягом 1996 – 2000 р. були ретельно вичищені від намитого і наносного грунту та досліджені черкаськими археологами. Загальна довжина реставрованих підземних ходів у Жаботинському монастиреві сягає 70 м.
За переказом, записаним на початку ХХ століття у с. Суботів Марком Грушевським, є “льохи гайдамацькі” й у лісі “за Вовчим шпилем”, а у тому підземеллі “діжа, кадка така з золотом, шо й кіньми в ній обернути можна”, а в іншій діжці – намисто.

У 1926 році український письменник і кобзар Гнат Хоткевич пройшов підземними холодноярськими ходами близько чотирьох кілометрів.

У 1927 році Медведівський райвиконком повідомляв відповідні органи, що “на території кол. Мотронинського монастиря на кладовищі біля Мурованої церкві при копанні могили випадково виявилось гирло печери, яка має вглиб до 4 сажнів (8,88 м), а завдовжки не з’ясовано. Дехто з мешканців монастиря спускалися в печеру, де по стінах бачили визначіння копіттю свічок хрести, знайшли у самого гирла на коріннях дерева монашецький пояс й на самому низу печери рештку ніби то трухлой соломи. Вихід печери по зазначеним відомомстям веде в бік зовнешнього валу Мотронинського городища”. Восени того ж року на місці прогнилого пня старого дерева, що “від кам’яної церкви, від олтаря на південний схід 20 кроків” провалився дуже вузький отвір. Таким чином, відкрився вхід у підземелля довжиною 6,66 м, що тяглося на південний схід з розгалуженнями до монастирського валу і під старий монастир. Однак, усі ходи були обваленими. У підземеллі знаходилася яма з вугіллям і чотири ніші. Висота центрального ходу підземелля – до 3 метрів, ширина – 2,2 м, ніші – менші за розмірами: від 0,9 до 1,9 м висотою і від 1,1 до 1,9 м завширшки.

У 1930-х роках троє працівників створеної на базі монастиря сільськогосподарської комуни “Заповіт Леніна” вирішили “обстежити” печери. Однак, їх досвід виявився невдалим. У лабіринтах та відгалуженнях підземелля “дослідники” заблукали. Лише на четвертий день їх визволили з добровільної неволі. Виявляється, вони весь час блукали недалеко від входу, але самостійно вибратися на світ Божий не могли.
У часи Другої світової війни німецькі окупанти відшукали один з найбільших входів до стародавніх підземних печер і, гадаючи, що там міститься одна з партизанських баз, підірвали його.
В усіх навколишніх селах тяга до печер у дітей відбивалася дорослими змалечку. Ходили легенди про те, що там багато загубилося дітей, про різноманітних бандитів, які, нібито, там переховуються, а найбільш переконливими були перекази про те, що вони заміновані німцями в роки війни, а деякі входи підірвані. Згадує А. Найда: “Якось всередині 60-х років (минулого століття – авт.) хтось прокопав у сирій землі біля старовинної дороги значну яму глибиною метрів два. Поряд купи свіжої землі валялася лопата. Копали там, де ми раніше ніколи не були, і про підземелля в цьому краї й мови не велось. Але внизу ями явно виднівся отвір. Найбільш нас здивувало те, що було розкопано камінну стіну”. Дітей здолала цікавість, і після двох днів розкопок, коли було вибрано 5-6 метрів ґрунту, відкрився хід у підземелля. “Печера була викопана півколом, метрів півтора завширшки. (...) Хід в печері постійно звертав праворуч. Мотузки швидко скінчилися, і ми закріпили телефонний дріт. Раптом попереду побачили тупик. Він був розширений, і за його рогом, ліворуч йшов отвір другої печери, іншої конфігурації. В ній можна було стояти вільно, не нагинаючись, але вона була наполовину вужча. Через кроків двадцять – знову розгалуження”. Невідомо, чим би закінчилися пошуки підлітків, якби однієї ночі розпочатий дітьми розкоп хтось не завалив.

Кажуть, що і на сьогодні є чимало бажаючих потрапити до холодноярських печер. Кого кличе їх древня історія, кого – таємничі скарби, кого – містика і адреналін. А ще розповідають, що існують підпільні організації дослідників підземель, які не на жарт конкурують одна з одною і свято бережуть таємниці своїх відкриттів.