Самдонг Ринпоче родился 5 ноября 1939 года в тибетской провинции Кам и при рождении получил имя Лобсанг Тензин. В 1943 году он поступил в тибетский монастырь Гаден Деченлинг, и в 1944 году в возрасте пяти лет в нем распознали реинкарнацию Четвертого Самдонга Ринпоче. С 1952 года он продолжил свое духовное обучение в монастыре Дрепунг в Центральном Тибете, а в 1959 году после вторжения китайской армии вынужден был покинуть родину и отправиться в изгнание в Индию. На новом месте Самдонг Ринпоче с самого начала принимал активное участие в жизни тибетского сообщества: с 1960 года он обучал монахов в монастырях Сера, Дрепунг и Ганден; с 1961 года преподавал основы буддизма в тибетской школе в Шимле, а в 1963-м стал и.о. директора этой школы; в 1964 году преподавал в тибетской школе в Дарджилинге; с 1965-го по 1970-й возглавлял тибетскую школу в Далхузи. Самдонг Ринпоче получил степень геше-лхарампа (доктор философии) в 1968 году и степень награмпа (доктор тантры) в 1969 году. С 1971-го по 2001-й занимал руководящие посты в Центральном институте высшей тибетологии в Варанаси. В 2013 году был назначен канцлером Университета буддологии и индологии в Санчи в Индии.
Самдонг Ринпоче является специалистом по философии абхисамайи и мадхьямики, он свободно владеет тибетским, хинди и английским.
Наряду с обширной академической и религиозной деятельностью, Самдонг Ринпоче также принимает активное участие в политической жизни тибетского общества. С 1970 по 1973 гг. он получил должность Вице-президента Тибетского Молодежного Конгресса. Являлся почетным секретарем Религиозно-культурного департамента Центральной тибетской администрации в Дхарамсале. С 1991 по 2001 гг. был Председателем Ассамблеи тибетских народных депутатов. С 2001 по 2011 гг. занимал должность Премьер-министра (тиб. Калон Трипа) Центральной тибетской администрации.
Самдонг Ринпоче является президентом Международного буддийского конгресса, членом Экспертно-консультативного комитета Министерства культуры Индии, членом правления Доверительного фонда Далай-ламы, приглашенным профессором Колледжа Хэмпшир (США) и университета Тасмании (Австралия). Под его общей редакцией с 1972 по 2001 гг. издавались публикации Центрального института высших тибетологических исследований в Сарнатхе. Его многочисленные статьи и лекции регулярно печатают в академических журналах по всему миру.